NGS必备之DNA片段化
在NGS实验中,长片段DNA文库构建的**步就是将DNA随机打断成符合各测序平台读长的片段,目前DNA打断的*主要的方法是机械法(*常见的是超声打断法)和酶切法。
1、酶切打断
酶切法打断是利用片段化酶对基因组DNA进行随机打断,和分子克隆中常用的限制性内切酶不同,用于DNA打断的片段化酶并不识别特异的酶切位点,而是对DNA进行随机地、非特异地切割。
常用的打断酶为两种酶的混合物:一种酶会在dsDNA上产生随机切割,产生缺刻,另一种酶会识别这些缺刻并切割互补的DNA链,从而产生双链DNA断裂。酶切法打断操作方便,打断、末端修复和加A一步完成,减少了实验步骤,便于同时操作多个样本。另外酶切法打断不需要专门的超声波打断仪,也不需要使用打断管等耗材,因此酶切法打断能够显著降低实验门槛和成本。
2、超声打断
超声打断是*常见的DNA片段化方式,超声波产生的剪切力能够将溶液中的DNA片段进行剪切。
常用的超声波打断仪分为接触式和非接触式,其中接触式打断仪价格较低,但是需要将超声波探头插入到样本中进行打断,容易造成打断不均匀,样本损失以及交叉污染等问题。非接触式打断仪不需要将探头插入到样品中,因此可以有效的避免上述问题,但是非接触打断仪价格较贵。非接触式的打断仪以Covaris超声波破碎系统*为常用,配合专门的Covaris打断管,可以将DNA**打断成目标大小。超声打断会使得DNA的末端产生寡核苷酸突出,这些末端突出需要通过末端修复过程将其补平,之后才能进行加A和加接头等后续步骤。
产品推荐—麦伯超声打断管
完美适配Covaris超声打断仪
50μl-超声打断管(单管)
麦伯50μl-超声打断管,是Covaris 超声波破碎仪适配样品管。利用声波自动聚焦AFA技术,机械剪切DNA/RNA,所得片段DNA无热损伤无偏向,具有高度的可重复性,适合需要高质量DNA的下游应用。
产品特点
适用品牌:Covaris系列
样本类型:DNA / RNA
样品体积:50μL
片段化范围:150bp-1.5Kb,通过调整打断参数获得合适的核酸片段大小
130μl-超声打断管(单管)
130μL-超声打断管是设计用于covaris系列超声波剪切仪专用核酸打断管,利用超声波聚焦技术机械剪切DNA/RNA,所得片段无偏好性,且具有高度可重复的特点,适用于二代测序建库等核酸片段化过程。
产品特点
适用品牌:covaris系列
样本类型:DNA/RNA
样本体积:130μL
片段化范围:150bp-1.5Kb,通过调整打断参数获得合适的核酸片段大小
产品性能
取100ng gDNA分别装于原装520045和M7042打断管中,用相同的参数进行打断,然后用Qsep400进行片段质检,从质检图可以看出麦伯的打断管和原装打断管在打断数据以及片段分布差异不大,可进行替换。
订购信息
品牌 | 产品名称 | 货号 | 规格 |
麦伯生物 | 50μl-超声打断管(单管) | M7041 | 25个/包 |
麦伯生物 | 130μl-超声打断管(单管) | M7042 | 25个/包 |